I due musei della città, il Museo MAEC e quello Diocesano, costituiscono due appuntamenti imperdibili per chi voglia conoscere la storia della città, l’arte antica e contemporanea.
Le origini del museo e la sua collezione risalgono al 1727 quando fu fondata l'Accademia Etrusca. Dal 2005 nasce il MAEC-Museo dell’Accademia Etrusca e della Città di Cortona. Riunisce in un unico percorso museale le antiche collezioni settecentesche dell’Accademia Etrusca come il lampadario etrusco, la sezione egizia, la biblioteca storica e le opere di Gino Severini con i più recenti rinvenimenti archeologici che illustrano la storia di Cortona di epoca etrusca e romana. Tra questi di particolare interesse la “Tabula Cortonensis” documento in etrusco databile al II sec. a.C oltre ai corredi delle tombe dei circoli del Sodo.
Il Museo Diocesano occupa la Chiesa superiore del Gesù e le sale adiacenti.
Raccoglie al suo interno le grandiose opere d’arte di Beato Angelico, Bartolomeo della Gatta, Lorenzetti, Luca Signorelli, Giuseppe Maria Crespi e Francesco Capella, insieme ad arredi liturgici, reliquiari e paramenti sacri di notevole valore storico ed artistico; ricordiamo particolarmente l’Annunciazione del Beato Angelico, la Deposizione del Signorelli, l’Estasi di Santa Margherita del Crespi, il Reliquiario Vagnucci e il Parato Passerini, realizzato su disegni di Raffaellino del Garbo e Andrea del Sarto.
Grande importanza riveste il Parco Archeologico, con reperti del periodo etrusco e romano. È un itinerario urbano e un percorso fuori dalle mura cittadine. I più importanti da visitare sono gli imponenti edifici funebri di epoca etrusca, noti come Meloni e Tanelle. Tra questi spicca il tumulo II del Sodo, con la spettacolare gradinata-terrazza decorata da gruppi scultorei ed elementi architettonici di stile orientalizzante.
Un altro melone, chiamato anche Tomba François dal nome dell’archeologo scopritore (1842), contenente due grandi sepolcri a camera, si trova proprio al centro di Camucia.
Sempre nei dintorni della città da non perdere anche il Museo di Farneta: che raccoglie reperti paleontologici.
Infine, il Museo della Civiltà Contadina di Fratticciola mostra gli oggetti legati alla terra e a una cultura contadina ormai scomparsa.